La Discute de Béthisy et du Valois - Sur le fond ! - Variants, les virus ARN mutent tout le temps

Variants, les virus ARN mutent tout le temps

LES VARIANTS : Une seule manière de les détecter

Les mutations du coronavirus ne sont pas simples à détecter au sein d’une population. Seul le séquençage des génomes viraux, que l’on peut comparer à une analyse complète de la carte d’identité du virus, peut permettre de repérer ces variants. Stéphanie Haïm-Boukobza, virologue interrogée par RMC, raconte les longues étapes de ce séquençage qui peut durer 3 jours : “On va lire les séquences du virus comme si on lisait dans un livre où chaque gène du virus correspondrait à un chapitre du livre. Après on va regarder tous les mots de chaque chapitre et on va regarder si dans les mots il y en a certains qui ont varié. Et là ça voudra dire qu’on est en présence de mutant et possiblement du variant anglais”.

Maxime Poul 8 janvier 2021•3 min de lecture
Le Royaume-Uni est parvenu à détecter un variant du Covid-19 sur son territoire grâce à une politique de séquençage massive.
Le variant du Covid-19, plus contagieux et découvert il y a quelques semaines en Grande-Bretagne, commence à circuler sur le territoire français, ce qui inquiète les autorités.

Comment fait-on pour détecter les différents variants ?

C’est un sujet d’inquiétude depuis plusieurs semaines. Au mois de décembre, le Royaume-Uni annonçait avoir découvert un variant du coronavirus dans le sud de l’Angleterre et la région de Londres. S’il ne change pas la nature de la maladie et si les vaccins développés sont a priori suffisamment puissants pour lutter contre ce variant, il serait 40 à 70% plus contagieux que le virus que nous connaissons en France, a annoncé Olivier Véran. C’est pourquoi l’OMS appelle l’Europe à “en faire plus” face à ce variant “alarmant”.

La France est-elle suffisamment armée pour suivre à la trace le variant britannique ?

Depuis le début de l’épidémie, beaucoup de variants du coronavirus SARS-CoV-2 ont circulé dans le monde. Par exemple, le “cluster à risque” en Bretagne soupçonné dans un premier temps de correspondre à cette mutation britannique appelée VOC-202012/1 correspond finalement à un autre variant déjà isolé sur le territoire au mois d’octobre.

Problème, le réseau de séquençage n’est pas bien développé en France, comme l’explique à Europe 1 le professeur Gilles Pialoux, chef du service des maladies infectieuses à l’hôpital Tenon à Paris : “On n’a pas une base de données nationales de tous les séquençages, et deuxièmement, on ne séquence pas assez.
Les laboratoires de virologie séquencent 100 fois moins que les Britanniques”, concède-t-il.

Des tests PCR pour mettre sur la piste

S’il n’existe pas d’autres manières que le séquençage pour identifier les variants comme celui venu d’Angleterre, des tests RT-PCR peuvent permettre d’obtenir un indice de sa présence. Certains tests PCR, comme ceux commercialisés par Thermo Fisher, fonctionnent en détectant trois gènes. Lorsqu’une personne est positive au Covid-19 dit “classique”, les 3 gènes apparaissent positifs sur le test, alors qu’avec le variant britannique il y a 2 positifs et un négatif. Une réaction suspecte qui ne permet pas d’affirmer à 100% qu’il s’agit d’un variant mais qui donne un fort indice. Au contraire, une positivité sur les trois cibles écarte avec une haute probabilité le variant britannique. De ce fait, les tests avec 2 gènes positifs sont envoyés en séquençage pour confirmer qu’il s’agit du variant. Sans ces tests PCR, le séquençage est réalisé de manière aléatoire et les variants du virus mettent donc du temps à être détectés.
https://fr.news.yahoo.com/comment-detecte-variants-covid-19-130505469.html

Comprendre la Covid-19 et ses variants n'est pas chose simple... Heureusement, l'équipe de "La Grande Forme" peut compter sur Leïla Belkhir, infectiologue aux Cliniques Saint-Luc, pour faire un point Covid le mardi et nous expliquer les choses de la façon la plus simple possible.

Les deux façons de détecter les variants

- Le séquençage : il s'agit de la façon la plus précise pour les détecter. Elle consiste à "aller lire toutes les phrases des différents chapitres du livre pour permettre de dire qu'il y a une différence à tel et tel endroit. C'est ce qui permet notamment de dire que le variant britannique a un point commun avec le variant sud-africain et le variant brésilien - une mutation qui s'appelle la 501Y - et de dire également ce qui distincte ces variants."
Le séquençage est un travail laborieux, long et coûteux
"Le séquençage est un travail laborieux, long et coûteux et tous les laboratoires n'ont pas de machines de séquençage à leur disposition." poursuit notre experte. Sauf en Grande-Bretagne, où de nombreuses machines permettent de faire de nombreux séquençages et de détecter rapidement les variants. Face aux nouveaux variants, depuis fin de l'année dernière, en Belgique, un projet d'association entre différentes universités a été mis en place pour pouvoir faire un maximum de séquençages en récupérant des échantillons dans d'autres laboratoires. Séquencer de plus en plus pour trouver le plus de variants et les combattre d'urgence.

- Via les tests PCR : via certaines machines, lors du test PCR (test nasopharyngé), un petit signal différent va être émis, ce qui laisse suspecter que c'est possiblement un variant. Les échantillons suspects sont alors envoyés de façon préférentielle dans les laboratoires de référence pour pouvoir faire le séquençage complet. Mais de nouveau, c'est un système qui n'est pas instantané et qui prend du temps. Il faut donc être patient dans la recherche de ces variants.

Pour l'instant, on sait que pour ces variants : les symptômes, l'évolution du virus et les complications éventuelles sont les mêmes. Ce qui permet de rester optimiste dans ce combat. De plus, d'après les données du variant britannique, le vaccin est efficace contre ce dernier. Pour les deux autres variants, différentes études sont encore attendues pour en savoir plus à ce sujet "mais nous sommes plutôt optimistes également par rapport à la vaccination !" conclut Leïla Belkhir.
https://www.rtbf.be/vivacite/emissions/detail_la-grande-forme/accueil/article_coronavirus-comment-detecte-t-on-les-variants-du-covid-19?id=10677252&programId=17545

La plupart des tests PCR utilisés aujourd’hui deviennent positifs en cas de présence d’un variant, mais ne permettent pas de définir, sans séquençage plus poussé, si la positivité provient du coronavirus « classique » ou de l’un des récents variants.
https://www.numerama.com/sciences/684081-comment-la-france-compte-surveiller-les-variants-du-coronavirus.html

L’institut Pasteur : Qu’est-ce qu’un test RT-PCR ?
Fonctionnement et fiabilité des tests RT-PCR pour la détection du SARS-CoV-2

Le CNR a développé deux tests RT-PCR, respectivement IP2 et IP4, dans le cadre de l’épidémie de Covid-19. Ces deux tests utilisent chacun trois séquences distinctes du génome du SARS-CoV-2. Il s’agit de deux séquences « amorces » qui permettent l’amplification d’une courte séquence du génome du virus et d’une séquence « sonde » qui permet la détection en venant se fixer sur les séquences amplifiées à l’aide des deux amorces. Il faut donc une correspondance du matériel génétique dans le prélèvement avec les trois séquences simultanément pour obtenir un résultat positif. Si l’une de ces trois séquences ne se fixe pas, aucun signal n’est détecté, le résultat est négatif.
https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/fonctionnement-fiabilite-tests-rt-pcr-detection-du-sars-cov-2

NDLR :
[La plupart des tests ne sont réalisés qu’avec 2 de 3 séquences, et ils sont poussés au-delà d’un CT de 25 ce qui ne veut plus rien dire sur la présence du virus (voir la recommandation de l’OMS du 24 Janvier 1021).
Pour définir la positivité, selon l’Institut Pasteur, ce test devrait être complété par un second test différent IP2 et IP4.]

Dernière modification le : 24/04/2021 @ 18:31
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